把\uxxxx搞進Oracle的補救故事

因為自己知識淺薄、程度不足，所以從Hypersonic把Hypersonic產生的script轉到Oracle的
時候發生沒有把換成/uxxxx的中文字處理好。果然還是個拿著Oracle認證和無所輕重的工作
經驗騙吃騙喝的傢伙。但是彌補的功夫還是要做。一方面自己PL/SQL也還真是不熟，所以
目前只有針對一個欄位做修正。

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[Eclipse Plug-in] XML Formatter 0.0.1

看了一個多月基礎的C++標準程式庫之後，在工作之餘還是只有搞基礎東西的水平。因為工作偶而會遇到的東西，想偷懶寫些工具協助下次找問題。搞了Swing和基本的SWT/JFace/Eclipse PDE的東西...寫了一個很簡單的plugin當成自己初次學Eclipse Plug-in的第一個筆記。

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Plug-in file here
JDOM plug-in here

搞定睡覺去...明天還要上班

STLPort 5.1.6 with Visual C++ 2008

最近好像大腦進入In Ex Grav一樣，想東想西，一下子覺得以前不知道努力基礎太差，導致現在進退維谷、一下子又看到床上、書架上、書桌上那一堆書又是一陣怪怪的念頭在腦袋裡轉。大概是因為沒啥正常人生目標所致吧。

上個月看基礎生物資訊的書果然看一看就因為基礎太差卡關。一邊補基礎、一邊看Wicket in Action和STL轉換心情（哈）。這個就是順便看看無緣的『STL源碼剖析』（因為繁體中文買不到了），就試著把安裝STLPort在Visual C++ 2008上看看。當然也是靠google的協助，這邊是整理的結果。

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Longest Common Subsequences For Dummies

下班之後可以研究一些好玩的東西，最簡單的sequence similarity analysis - Longest Common Subsequences (LCS)，簡報檔內容還是在看書做的筆記，畢竟圖像對我而言比文字容易瞭解。針對使用dynamic progrmming解LCS的部份。

寫了兩個版本，一個是最早寫的版本，第一個版本是寫一個functor來計算s和b的two-dimension array的值，然後透過一個method解讀array得到LCS的結果。後來想想用Nontype Template Parameter來搞。因為在編譯期就可以知道陣列大小，所以用Template搞就很方便。因此寫了v2版本。


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About Motif Finding Problem

針對Motif Finding Problem的學習，書上寫的很清楚可是總覺得畫圖對自己比較容易了解，所以把看書過程當中想的東西畫下來並整理一下。對自己瞭解這個東西有點幫助，也希望可以對別人也有點幫助。整裡的東西是用OpenOffice Impress搞得加上還有自己寫的Score(s, DNA)的簡單程式碼，所以包成一個Zip檔。

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Partial Digest Problem – Brute Force Algorithm Brute Force Implementation

最近白天上班被那個沒有怎樣建立、部署專案文件的有趣專案荼毒。哈！看來是上次專案工作當中被同事欺騙，都要寫從無到有安裝、部署的SOP。『大』專案好像不用這樣搞。

自從多年以前在某生物資訊公司上班時很無知的買了本 Computational Biology的書，看了一點點被嚇到，嚇到好幾年都不敢講bioinformatics這個單字。哈！過了幾年來終於鼓起勇氣再敗一本bioinformatics的書來看。哈哈！還好目前為止這次看的章節數比較多，書上大多是pseudo code，因為會的太少，所以不做看看會怕怕的。也是因為會的太少，因此這寫的實作版本也叫brute force implementation。

看起來很多頁其實都只是程式碼列表，寫的才一點點。搞定 洗澡去 今天一定要早點睡 哈哈！

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Metaprogram for dummies

緣起是在學侯Sir說的第零境界當中一直受到相當的挫折又再度奮起繼續作戰，好像學到點東西但是又不確信是不是真的學到東西。就會東想西想些case來看看能不能自己用第零境界講的東西來做看看。這邊就是剛好看到Metaprogram的章節之後，一直在想那個東西可以拿來踹踹看，又剛好看到BSA和Arpin的部落格有講用Markov Chain來檢定某段DNA序列是不是CpG island，所以這邊就用來踹Unroll loops的東西。

....好難的第零境界....不過看看之後竟然發現古早以前買的『泛型程式設計與STL』好像有越來越看有的趨勢，哈！大概是假象吧！

看來template快卡關了，正好拿到An Introduction to Bioinformatics Algorithms可以交互喘息。哈哈！ 搞定睡覺去...


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Building Board Library with Visual Studio 2008

第二個做專案的工作，據說找了很多技術高超的Java SD來搞。看了之後相當吐血，所謂沒想到那些號稱技術高超的free-lancer java SD們，除了傳說中的堅持己見、吵來吵去之外，還搞出了一個專案n種寫法、沒寫JavaDoc、沒寫註解的系統(同時也搞出Java最有名的XML Hell...一個專案分幾個Web Application，一個Web Application光Struts config就拆成將近20個...真是不簡單)...做出那樣的垃圾晚上竟然還睡的著...真是不簡單。

晚上回來還是要搞些正常的...話說以前在玩Java的時候曾經玩過一陣子Batik，就想到C++應該也有類似製作vector graphics的library，就從咕狗大神找一下，就碰到Board Library。在Windows用VS 2008 build的時候發生一些問題，所以就把自己解決的方法記錄下來，或許將來有機會要用的時候可以查的到資料。


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Copy constructor and allocator for dummies

離職一個多月來，和很多人聊過天，也一直在思考自己的未來...最主要也在補充自己基礎知識。也在努力搞template。雖然C++的工作不會找我，很久以前也一直把template當成尖帽子的傢伙。正好趁這個時間看一下C++ template、再看了一次『快快樂樂學演算法與資料結構』哈。基礎補了一些，結果書單也多了很多（像看The Art of C++當中差點忍不住敗Programming Game AI by Example），面試當中也見識到不少公司明明沒打算理我卻能睜著眼睛說瞎話浪費我的時間的事蹟（比如說某個最近因為老闆發表文章很紅的公司，某研發單位找PG的需求有列Strtus, AJAX...，在apply該單位SD的面試的時候卻說我們部門不做presentation??一整個狐疑...大概是小弟沒唸過CS，所以不瞭解真正的presentation是啥吧！門外漢嘛！被糟蹋好像也是應該。）

呵！正因為是門外漢又不聰明，所以看到書上寫的東西就會手賤想實驗看看，不然會覺得不踏實。會踹allocator並不是想自己寫STL Container（儘管The Art of C++有一章有寫Custom STL Container），純粹只是因為看到C++ Primer其中一句話就想用allocator踹看看、實驗看看是不是真的跟書上講的一樣。另一方面也想說可以趁機學學allocator怎麼玩。

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Embedded IronPython – 1 – The Simplest Way

原本是打算等IronPython in Action出來之後再研究這個東西怎麼搞，至少也要MEAP有到
Chapter 15，不過剛好有一個小東西有想要用，所以就先試一下最簡單的作法。

很簡單就只是透過PythonEngine的ExecuteFile()，透過設定PythonEngine.Sys把資料傳給script file使用...


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Hibernate - Stored Procedures and Stored Functions

最近除了面試之外，都在看快快樂樂學CLR(CLR via C#)、重新挑戰STL...也買一堆書(哈！之前買的笨蛋也看的懂的微積分二都還沒看完)。哈 搞得自己給自己蠻大的壓力，昨天晚上整理書的時候翻到Hibernate的書又把他翻一翻，順便玩了一下這個部份的東西...

在設計軟體的時候，有些需求我們會選擇把loading壓在DBMS，因此我們會使用Stored Procedure或Stored Function這些技術、也有些狀況是高手認為寫Java或.NET的人沒能力、沒默契無法寫好高手們『口述』需求的內容導致高手必須自己寫Stored Procedure才能正確地把需求做出來...。不管什麼原因這裡主要是看書上談到有關這個部份的東西，嘗試之後整理下來的東西。

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BCP公用程式 (SQL Server 2005)

前陣子忙著交接專案中C#的東西(雖然那個案子搞到最後才發現需求根本不是那麼一回事...所以PM說自己想需求的話，往往結果是很恐怖的)，也在努力吸收CLR via C#的知識。呵 一直以來我都是不管那個小知識、小技巧、小技術會不會用到，總是有興趣就去學。沒想到最近面試才發覺其實蠻多主流的觀念是唸書、學習都只是為了能夠獲取更大的利益、獲得更高的成就、取得更有權力的位置(看個人需要)才是正確的，因此開始被評說方向太多太發散(嗯！因為我只要想學的東西假日、放假就會花錢買書、花時間去學去玩...)不然就是說我學歷和投入時間和成就不相符...我真的無法瞭解為了位置、權力去念那些書有啥意義。

bcp是以Bulk Copy Program(BCP) API寫的命令列工具程式，可執行工作如下

• 從SQL Server把table或view匯出資料至某個資料檔案

• 從SQL Server把查詢結果匯出至資料檔案

• 從某個資料檔案匯入資料到SQL Server的table或view

• 建立格式檔

前面1.1-1.4是節錄(翻拍)書上的，1.5 是在stored procedure透過xp_cmdshell來執行bcp程式匯入資料(匯出也是一樣可以)，1.6就是把某個query的結果匯出至資料檔案的部份，1.7是另外做一個table來描述column希望匯出含header的檔案。大多數都是翻拍的...

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Hibernate Dynamics Data Filtering 筆記

大多數的系統都會根據登入的使用者帶出該使用者可以看到範圍的資料比如說為了看到secure data、根據地區來看屬於各區域的資料、用不同時間來看資料...等功能，以眼前公司系統就很多要把User的Org Code寫在複雜的HQL裡面。為了達到這個功能可以自己寫落落長的HQL or Criteria來做、做View、或者全部撈回來在Java程式裡面做filter這件事。然而Hibernate提供另一條路給我們使用。

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PDF-Writer and Ruport 01 – Create Simple Table

一方面因為前陣子比較忙(忙著和Windows Forms、Threading、FtpWebRequest奮戰)、一方面忙著看基礎數學，剛看完向量場...未來目標還有很多、另一方面在看很基礎的書...最近又有資深SA願意帶本人做SA(雖然必須辜負他 呵)。因此之前想做的也都暫時停頓...。這邊是因為之前Ruby Cookbook有介紹PDF-Writer，而在某次剛好有看到Ruport的一個CSV檔做PDF的範例，所以玩看看。

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Hello, Hessian 01

最近搞Axis web service到了最後階段被Triple DES、現在部門前神人發明的怪怪framework做的系統和怪怪資料庫DB2欺侮，終於展示給客戶看了....也算告一個段落，真是萬幸，希望以後不用再搞怪怪得東西，呵呵。
Hessian是由caucho公司發展以binary為基礎的web service protocal的open source framework。根據Hessian對自己的目標，在Hessian網站可以看到支援許多語言和Script language。而且現在也支援RIA。這邊主要是針對最簡單的『hello, world』java service到傳入參數和回傳java自訂類別的物件的service這幾個部份踹踹看，client部份則是以Python和Ruby為主...

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ps. 所謂怪怪的framework不是他的概念怪，畢竟想法在古早以前小歐(O'Reilly)出版的Java & XSLT最後就是提出類似的作法。而是該framework本身沒有考量到使用者(Developer)拿來開發實際系統將面臨的問題。

• 無法分段測試
• 當發生問題無法提供足夠資訊給開發人員除錯
• 宣稱使用Eclipse開發，但是使用該framework無法進入Debug mode
• Data Tier的溝通也是透過XML，雖然用Hibernate但是卻自己搞Core Object to XML，而非使用Hibernate提供的功能來搞
  (個人觀點：看過實際程式碼感覺透過Hibernate拿到Core Object之後，自己用JDOM或JAXP搞XML給前端用XSLT轉，應該程式碼會簡化很多。不過也是有神人同事覺得自己用StringBuffer兜XML比較快...不評論)
  
• 使用XSLT，但是framework無法提供適當工具協助
  
• 使用Log4J但是卻只能用root logger
• 三個m to m的tables卻把兩個associate table合成一個?? (哪裡學的ER Modeling??)

就一個旁觀者熊熊想到的幾點...
很多開發人員都很有自己想法，想自己搞framework想當架構師、想幹SA
但是...請不要造孽
連設計出framework的架構師都不曾自己拿來開發實際系統的framework是沒有期待的價值的
fit POC != fit real case

2008/04/15
PDF檔裡面補充在Ruby玩的一個寫法，透過寫method_missing來提供getId, getName這種get+capitalize(key)的method來取得資料...用起來或許比較像在使用User物件，為啥用getxxxx。 是因為例子取不好在Ruby中object#id是有用的...
順便小改一下hessianProxy.rb讓產生的Hash物件的key使用symbol，當然同時也要改之前寫的enhanceHash.rb...

Additional - Web Service Binding

之前遇到WTP WSDL Designer操作的問題，在高手的指導下解決了。所以紀錄一下免得老了一下子就忘了。附帶在Rails寫一個小程式來使用Java的Web Service查詢淨值...

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Writing Ruby Web Service Client 2 ?

寫完之後發現自己檔案名稱真是亂定，哈！所以標題也是亂定。裡面紀錄自己用WTP的WSDL Designer踹比較複雜的傳入/傳回的例子和針對這種比較複雜的例子，Ruby的SOAP::WSDLDriverFactory使用時的寫法。所謂複雜的狀況就是傳入/傳回都用自訂型別，裡面有array和基本XML Schema定義的型別。

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Writing Ruby Web Service Client

這是新任務測試Axis web service是否寫的成功用的。一開始先用Ruby而沒用.NET的原因是之前看Ruby Coookbook的時候就覺得Ruby寫這個比較快，加上反正web service都跟他不熟，綜合兩個原因就先用Ruby來搞看看。

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Writing C# Web Service Client with wsdl

緣起當然是因為鼯鼠的特性，工作所需所以要把原本被自己打入『實作方法複雜到沒有必要讀』的Developing Web Service with Apache Axis在強迫自己重新拿出來讀。原本應該先整理看書的部份，但是雖然不喜歡Axis/Java做Web Service的實作方法太複雜...但是這本書卻是一本很不錯的書。這位先生寫書的習慣很棒，step by step寫的很詳細，正好適合小弟這種腦袋不好的。因為工作要求除了Java Client還要寫非Java的Client給客戶看，昨天都在用Ruby寫Web Service Client，因為Ruby的SOAP/wsdlDriver在遇到SimpleService(那本書之前的範例，這個範例呼叫WebMethod的參數是傳自訂物件)可以跑的很正常，但是遇到WrappedService就還沒抓到『正確』使用方法(雖然有把程式硬搞到可以跑)。所以才想說試看看.NET要怎樣做。

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菜鳥的KToolbar遊記(1)

身為多餘的雜工，雖然羅八的旅程還缺壓力測試的東西，但是由於同事太忙沒空攔截到人，所以暫時停頓。萬幸還好有工作可以交代給多餘的雜工做。這次要玩玩J2ME的Wireless Message API和File Connection API....

菜鳥的KToolbar遊記1 - 準備工作

First Look: BioRuby

玩這個東西應該跟玩DirectX或XNA一樣算是純粹好玩吧...眼前看來應該是不會有工作會用到。主要也是古早以前曾經想往生物資訊方向發展，所以看到泛BioJava、BioPerl、BioXXX系列的東西都會想玩看看。
有很多生物資訊的工具應該都是在Linux或Unix的環境才能用，因為那個平常沒在玩也沒環境好用，所以只會針對在Windows環境可以玩的部份玩一玩，寫一下筆記。

Draft 1: 東西很少只有大概想得到的大綱列一列、簡單講一下Sequence物件的guess method，還有剪貼寫一下SiRNA的東西...

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Draft 2: 新增Bio::Sequence::NA的randomize、illegal_bases等其他method的東西，另外在illegal_bases有和BioJava的東西對照看看...
Draft 2 PDF